超濾膜的污染主要有三個方面：表面吸附、顆粒的阻塞、表面的附著。
由于超濾膜的功能是去除原液中所含有的雜質，性能優良與截留分子量較低的超濾膜，被雜質污染堵塞可能更快，膜表面會被截留的各種有害雜質所覆蓋，甚至膜孔也會被更為細小的雜質堵塞而使其分離性能下降。原水預處理的有無，與處理質量的好環，只能決定超濾膜被堵塞污染速度的快慢，而無法從根本上解決污染問題，即使預處理再徹底，水中極少量雜質也會因日積月累而使膜的分離性能逐漸受到影響。因此膜的堵塞是絕對的，一般超濾系統都應當建立清洗和再生技術。清洗膜的方法可分為物理方法和化學方法兩大類。
a、超濾膜的物理清洗法：
該方法是利用機械的力量來去除膜表面污染物。整個清洗過程不發生任何化學反應。
①等壓水力沖洗法：對于中空纖維超濾膜等壓沖洗法是行之有效的方法之一。具體做法是關閉超濾液出口閥門，此時膜內外兩側壓力逐漸趨于相等，因壓力差粘附于膜表面的污垢松動，籍增大的流量沖洗表面，這對去除膜表面上大量松軟雜質有效；
②水氣混合清洗法：將凈化過的壓縮空氣與水流一道進入超濾膜內，水——氣混液會在膜表面劇烈的攪運作用而去除比較堅實的雜質。效果比較好，但應注意壓縮空氣的壓力與流量；
③熱水及純水沖洗法：熱水（30℃～40℃）沖洗膜表面，對那些粘稠而又有熱溶性的雜質去除效果明顯。純水溶解能力強。純水循環沖洗效果比較好；
